適当な新しいffmpegを拾ってきて、変換君があるフォルダの中のcoresフォルダに、
ffmpeg_new.exeって名前で入れる。
Transcoding.iniの内容を
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[Info]
Title=機種別設定：3GP2ファイル, W52SH向け設定
TitleE=Model: 3GP2, for W52SH
Description=W52SHに向けた設定です。
DescriptionE=Setting adjusted for au/KDDI W52SH.
[Item0]
Title=EZムービー / 映像:H.264 QB30s 15fps　音声:96kbps 24kHz Stereo 2-Step
Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg_new" -threads 2 -flags bitexact -y -i "<%InputFile%>"
-timestamp "<%TimeStamp%>" -qmin 2 -qmax 51 -vcodec libxvid -s 320x240 -r 15 -b 1024k
-acodec copy -f 3g2 "<%TemporaryFile%>_0.3g2""
Command1=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -threads 2 -y -i "<%TemporaryFile%>_0.3g2" -title "<%Title%>"
-timestamp "<%TimeStamp%>" -bitexact -qmin 2 -qmax 51 -vcodec h264 -fixaspect -s 320x240 -r 15
-vprofile baseline -vlevel 13 -bufsize 128 -qscale 30
-acodec aac -ac 2 -ar 24000 -ab 48 -f 3g2 -muxvb 128 -muxab 64 "<%TemporaryFile%>_1.3g2""
Command2=""<%AppPath%>\cores\QT3GPPFlatten" "<%TemporaryFile%>_1.3g2"
"<%TemporaryFile%>_2.3g2" -c QT_3GPP2_QVGA_AAC.ini"
Command3=""<%AppPath%>\cores\ATOMChanger" "<%TemporaryFile%>_2.3g2"
"<%OutputFile%>.3g2" "Add_mfra.ini""
Command4="cmd /c "del "<%TemporaryFile%>*.*"""
[Item1]
Title=EZムービー / 映像:H.264 QB30s 15fps　音声:96kbps 24kHz Stereo 1-Step
Command0=""<%AppPath%>\cores\ffmpeg" -threads 2 -y -i "<%InputFile%>" -title "<%Title%>"
-timestamp "<%TimeStamp%>" -bitexact -qmin 2 -qmax 51 -vcodec h264 -fixaspect -s 320x240 -r 15
-vprofile baseline -vlevel 13 -bufsize 128 -qscale 30
-acodec aac -ac 2 -ar 24000 -ab 48 -f 3g2 -muxvb 128 -muxab 64 "<%TemporaryFile%>_1.3g2""
Command1=""<%AppPath%>\cores\QT3GPPFlatten" "<%TemporaryFile%>_1.3g2"
"<%TemporaryFile%>_2.3g2" -c QT_3GPP2_QVGA_AAC.ini"
Command2=""<%AppPath%>\cores\ATOMChanger" "<%TemporaryFile%>_2.3g2"
"<%OutputFile%>.3g2" "Add_mfra.ini""
Command3="cmd /c "del "<%TemporaryFile%>*.*"""
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てな具合にする。（注：適当に改行有り）
ニコニコ動画の場合はItem0を、YouTubeとかの場合はItem1を使う。